sedで正規表現で指定したパタン数行削除；　コマンドであるパターン以降の数行を削除

sed

]sedで正規表現で指定したパタン数行削除；コマンドであるパターン以降の数行を削除例以下のtest.txtのxxxから２行後ろまで削除 test.txt abc xxx efd xyz cfd mmm sed "/xxx/,+2d" test.txt 出力例 abc cfd mmm

2012-05-22

サイトスケープでノードのサイズをファイルで指定する．

cytoscape グラフの可視化ネットっワーク可視化ネットワーク可視化

サイトスケープでノードのサイズ（大きさ）をファイルで指定する．参考にさせていただいたブログ http://wiki.livedoor.jp/bioinformatics/d/Cytoscape/Tutorials/Introduction_to_Cytoscape （１）ネットワークを作る（このブログの昔の記事参照）．（２…

2012-05-21

色々な計算：　最大の連，符号の反転など

R

色々な計算：最大の連，符号の反転など prob<-0 kkkk<-0 prob<-0 length1<-0 pvalue<-0 pp<-0 pp2<-0 pp3<-0 #7 for(i in 1:(2^7)){ digit<-7 prob123<-vector_prob((kkkb),decbin(i,digit=digit)) kkkk[i]<-paste(decbin(i,digit=digit),collapse=" ") leng…

2012-05-18

Rで連検定．　時系列が無作為か？ランダムか？の検定

R

連とは，連続する+ or –の組．例) +-+-+-+++--+++++-++- 右から+,-,+,-,+,-,+++,--,+++++,-,++,- の１２個の連連検定とは，（１）連検定連の数が無作為と比べて異なるかをしらべる検定．（分布の検定にも使える）無作為なら連の数の分布は, 平均と分…

2012-05-18

Rでベクトル内の連続するパタンの出現する位置を検索

R

Rでベクトル内のの連続するパタンの出現する位置を検索. 入力例： #ベクトル x #パタン patan 出力例: macthing_vector(x,patan) [1] 3 4 8 プログラム x<-c(1,2,3,3,3,3,2,3,3,3) patan<-c(3,3,3) macthing_vector<-function(x,patan){ patan_length<-lengt…

2012-05-17

test

http://www.wine-reviews.net/wine-reviews/applications/how-to-install-microsoft-office-2010-on-linux-with-wine.html

2012-05-17

officewo

http://d.hatena.ne.jp/kita_yuta/20100615/1276606183

2012-05-17

wineをつかってlinuxでigorPro

igor linux

Linux(ubuntu)でigorProを使いたい．そこで，wine(linux上でwindowsソフトを走らせられるソフト) を利用してigorを使う． (1)unbuntu をアップロード (2)apt-get install wine (3)CD-ROMを表示してigorProのseup.exe をクリック (4)igor起動後標準フォント…

2012-05-16

連続する２つの値をシャッフル

R

連続する２つの値をシャッフル入力例 c(1,2,3,4,5) 出力例 > local_shuffle(c(1,2,3,4,5)) [1] 1 2 4 3 5 > local_shuffle(c(1,2,3,4,5)) [1] 1 2 3 4 5 > local_shuffle(c(1,2,3,4,5)) [1] 2 1 3 4 5 > local_shuffle(c(1,2,3,4,5)) [1] 2 1 4 3 5 > local…

2012-05-16

Rで２つ1組の数値をシャッフル

R

Rで２つを1組ごとにシャッフル. 入力例:(1,2),(3,4),(5)の並びは保存したままシャッフル c(1,2,3,4,5) 出力例 > pare_shuffle(c(1,2,3,4,5,6)) [1] 1 2 5 6 3 4 > pare_shuffle(c(1,2,3,4,5,6)) [1] 5 6 3 4 1 2 > pare_shuffle(c(1,2,3,4,5,6)) [1] 3 4 1 2…

2012-05-16

R: 分時データの欠損値をNAで埋める．

R R

R: 分時データの欠損値をNAで埋める関数．入力例 date_123=c("2012-5-01","2012-5-02","2012-5-02","2012-5-02") time_123=c("23:59:00","00:00:00","00:02:00","00:03:00") value=c(1,2,3,5) 出力例（左から, UNIXTIME, 値，日付，時間，UNIXTIME） time1 v…

2012-05-11

rubyのhpricot でxmlの切り出し

ruby

以下の文章のcounts属性を抜出し表示 test.html <head>This is a test. </head> <body> test <dagu elements=xxx> <td counts=3 no=xxx></td> <td counts=4 no=yyy></td> <td counts=hello no=zzz></td> </body> ルビーのソースコード hpricotは, xmlやhtml切り出し用のライブラリ gem install hpricot で入手できる． rubygems をインストール後．ルビーのソース require 'rubygems' req…

2012-05-09

RでUNIXTIMEに変換

R

例１そのままの場合 as.numeric(as.POSIXlt("2007-07-03 13:32:06 JST")) 例2 日付が2007.07.03だったら？ hidu<-paste(unlist(strsplit("2007.07.03","\\.")),collapse="-") as.numeric(as.POSIXlt(paste(sep="",hidu," 13:32:06 JST")) 例３ベクトルを一…

2012-05-09

Rでバーコード状のグラフを書く（ラグプロット）

R

データ， data 1の部分だけ黒い縦線を引く．バーコード状のプロット． 1がクラスタしているか確かめられる． rug関数を用いる． #data<-rbinom(size=1,prob=0.5,1000) plot(data,col=0) rug(which(data==1),ticksize=1)

2012-05-09

Rで移動平均

R

Rで移動平均 moving_average<-function(ts123,lag){ tmp<-0 for(i in 1:lag){ tmp<-tmp+ts123[(i):(length(ts123)-(lag-i))]/lag } tmp<-c(rep(NA,lag-1),tmp) tmp } j<-moving_average(ll,32) plot(j)

2012-05-01

Rでニューラルネット、ロジスティック写像の学習

R

##Larning library(nnet) library(tseries) #Logistic map x<-0 x[1]<-0.5 x[2]<-0.5 a<-3.8 for(i in 1:1000){ x[i+1]<-a*x[i]*(1-x[i]) } input<-cbind(x[1:(length(x)-1)]) output<-cbind(x[2:length(x)]) results<-nnet(input,output,size=5,lang=0.3,ma…

2012-05-01

Rで時系列解析

R

CCF →相互相関 x<-rnorm(1000) y<-rnorm(1000) ccf(x,y) x<-rnorm(1000) y<-x[2:length(x)] x<-x[1:(length(x)-1)] ccf(x,y) plot(x) points(y,col=2) plot(x[2:(length(y))],y[1:(length(y)-1)]) TSデータ構造Lagplot →時系列の自己相関を目でみて確認。 x<…