linuxの数学とデータ解析環境の整備。
すべてフリーソフトで構成。
（まだ、ネットワーク可視化[グラフ可視化]のソフト
がたりない。→
cytoscapeをインストールすると良い。）
外部ＰＣとの接続ソフト
#リモートデスクトップ apt-get install vnc4server apt-get install xinetd apt-get install twm #ssh server apt-get install ssh
vnc4serverの設定は
arupaka-_-arupakaの他の
記事参照。
#テキストエディタ apt-get install emacs apt-get install vim ##webブラウザ #apt-get install w3m
sudo apt-get install nkf sudo apt-get install mecab
コンパイラとライブラリ
##C #apt-get install gcc ##フォートラン #apt-get install gfortran ##並列計算 apt-get install mpi #gsl(数学ライブラリ) sudo apt-get install gsl-bin sudo apt-get install gsl-doc-pdf sudo apt-get install libgsl0-dev sudo apt-get install libgsl0-dbg sudo apt-get install libgsl0ldbl #汽車 sudo apt-get install sl
スプリクト言語
#ruby sudo apt-get install ruby sudo apt-get install rubygems sudo apt-get install ruby-dev sudo apt-get install rails ##awk #sudo apt-get install gawk ##sed #sudo apt-get install sed ##perl #sudo apt-get install perl
Javaのインストール
http://d.hatena.ne.jp/arupaka-_-arupaka/20100113/1263355995
を参照
数学系ソフト
#数式処理(Mathmaticaクローン) apt-get insatll maxima #統計処理ソフトR(Sのクローン) apt-get install r-base sudo apt-get install r-base-dev #行列計算(matlabクローン) sudo apt-get install octave
octave 途中でインストールするバージョンを聞かれるので注意。
グラフの描画gnuplot
#グラフの描画
sudo apt-get install gnuplot
画像処理と画像加工ソフト
#画像の変換 #apt-get install imagemagick #画像の加工ソフト apt-get install tgif apt-get install xfig apt-get install gimp apt-get install inkscape
日本語TEX環境のインストール
$ sudo apt-get install texlive-latex-extra $ sudo apt-get install latexmk dvipng $ sudo apt-get install xpdf gs-cjk-resource $ sudo apt-get install vfdata-morisawa5 dvi2ps-fontdesc-morisawa5 $ sudo apt-get install cmap-adobe-japan1 cmap-adobe-japan2 cmap-adobe-cns1 cmap-adobe-gb1 $ sudo jisftconfig add
.latexmkrc ファイルを作成する．
$latex = 'platex'; $latex_silent = 'platex -interaction=batchmode'; $bibtex = 'jbibtex'; $dvipdf = 'perl -e "exec(\'dvipdfmx\', \$ARGV[0])"'; $dvips = 'dvips'; $dvi_previewer = 'xdvi'; $makeindex = 'mendex';
sudo apt-get install latex-beamer
文章は、EUCで作成すること。
http://bach.istc.kobe-u.ac.jp/lect/tamlab/ubuntu/latex.html
python。
pythonの科学技術処理環境
Scipyのインストールと
R環境rpyのインストール
sudo apt-get easy_install sudo easy_install virtualenv sudo easy_install pip #pip install PIL pip install sci sudo aptitude install ipython sudo aptitude install python-dev ##rpy wget http://pypi.python.org/packages/source/r/rpy2/rpy2-2.0.8.tar.gz#md5=c63a56aca8a352719ee3c91805beee66 gzip -d rpy* tar -xvf rpy* cd rpy* sudo python setup.py install ##Scipy sudo apt-get install python-numpy sudo apt-get install python-scypy sudo apt-get install python-matplotlib
参考：
http://labs.unoh.net/2009/12/2009python.html
http://pypi.python.org/pypi
R。安定分布、社会ネットワーク解析
環境、形態素解析のインストール
#安定分布 install.packages("fbasics") #社会ネットワーク系 install.packages("sna") install.packages("network") #形態素解析 RMecab #まずgoogleグループより #最新版をとってくる #wget http://rmecab.googlegr#oups.com/web/RMeCab_0.87_R_#x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz install.packages("RMeCab_0.87_R_x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz ",destdir=".",repos=NULL)
そのほか色々の参考：
http://tmcosmos.org/linux/ubuntu/ubuntu710.html
ruby。rubyGSLのインストール
rubygsl
sudo apt-get install plotuti l wget http://rubyforge.org/frs/download.php/10237/rb-gsl-1.10.3.tar.gz #展開して、フォルダに入る。 gzip -d rb-gsl* tar -xvf rb-gsl* cd rb-gsl* ruby setup.rb config ruby setup.rb setup ruby setup.rb install
rubyがruby-devでないとmkmf
がないといわれてはまる。
ネットワーク可視化ソフト（グラフ可視化ソフト）
Cytoscape
(1)http://www.cytoscape.org/
からインストールキッド
をダウンロード。(2)ダウンロードしたファイルを実行。
注意、
cytoscapeのインストールにはJavaが必要。
インストール方法２
wget http://chianti.ucsd.edu/Cyto-2_7_0/cytoscape-v2.7.0.tar.gz
gzip -d cytosca*
tar -xvf cytosca*
cd cytosca*
sudu apt-get install jamvm
sudo apt-get install sun-java6-jdk
sh cytoscape.sh
