あとで、みつけましたが
下のページがわかりやすいです！
http://web.sfc.keio.ac.jp/~iba/sb/log/eid95.html
とりあえず可視化した場合。
cytoscapeでのテキスト形式データの
入力(インポート,import)のしかた。
例：二分木のネットワーク
データ形式
tree.txt
0 1
0 2
1 3
1 4
2 5
2 6
(1）tree.net を読み込む。
File → import →network from txt
そこで出てくる画面で、
a)Select fileを押して、tree.txtを選ぶ。
b)Source Interaction をcolmun1に。
c)Interaction type をデフォルトのまま。
d)Target Interaction をcolmun2に。
e)一番下のImport を押す。
→これで図がでる。(2)形式の選択。
(1)のままだと図が見ずらいので
Layout → Cytoscape Layout →Spring embedet → allnodeを選択。こうするとバネ形式で整理される。
見ずらい場合は,Sprint embedet以外の
形式(例えば、Force directed layout)で表示されてみる。(3)エッジ（リンク）を矢印の形にしたい場合（有向にしたい場合）。
a)左側のContorolPanelのしたのNetworkや
VizMapper,Editor,Filtersのタブのうち
「VizMapper」を選ぶ。
b)中段のDefaultsと書いているところの下のSourceからTargetの絵をダブルクリック。
c)そこででてきたwindowの右側のDefault Visual Propertiesの枠の下にあるNode,Edge,
Global,DependancesのタブからEdgeを選択。
d) EDGE_TGTARROW_SHAPEを選択。
e)そこで開くウィンドーでdeltaを選択し、
applyをクリック。
これで大丈夫なはず..。
cycoscape オンラインチュートリアル
http://www.cytoscape.org/tut/tutorial.php
cycoscape オンラインマニュアル
http://www.cytoscape.org/manual/Cytoscape2_6Manual.html#Import Free-Format Table Files (南極)
公共ネットワークのダウンロード
http://www.pathguide.org/
