RスクリプトのCGI化やシステムコールで使う方法

R 統計 R言語

CGIの設定は，
http://d.hatena.ne.jp/arupaka-_-arupaka/20140820

  • Rの実行コマンドは，Rscript　コマンドを使う．

Rscript xxx.R コマンド引数　コマンド引数


コマンド引数は，

args=commandArgs(trailingOnly=T)

でargs配列に入る．

そのため，スクリプトの一行目に
#!/usr/local/bin/Rscript
を追加．

例えば，
test.R

#!/usr/local/bin/Rscript
cat("test\n")
args=commandArgs(trailingOnly=T)
cat(args[1],"\n")
quit()

として，実効権限をつける．
例えば，

chmod a+x test.R

実行は，

./test.R

とか

./test.R dogs

とか.

CGIだとデバックしにくいので,log.txtにlogを出力しとくと便利かも．

./test.R dogs 2> log.txt

実行ディレクトリにも注意．
2> は標準エラー出力

  • そのほかの注意事項

(1) 全角スペースなどに注意．WindowsのRだと全角スペースを無視して実行してくれる．
(2) 画面出力ファイルに注意．dev.copy2eps()から，png(file="xxx.png") plot(xx);dev.off();等に出力デバイス直す．
(3) 日本語文字列を扱うときはスクリプト内で環境変数LANGを日本語に．例えば，rubyだと ENV["LANG"]="ja_JP.UTF-8"
(4) R単独でCGIにするなら，一行目に cat("Content-type: text/html\n\n")が必要．CGIのルール．