gcc -O2 test.c -lgsl -lgslcbla s -lm

gdb はgnuのデバックのためのソフト。 例えば、セグメンテーションフォールトの位置が簡単に調べられる。 基本編(1)特殊なオプション-gをつけてコンパイル。 gcc -O2 -g sample.c -o test.out (2)gdbを実行 gdb test.out (3)gdbの中でrunと打ち込む。 (gdb) …

(1)まず、iSCSIとは、ネットーク上のデバイス（ハードディスク）をローカル(SCSI)のように使う技術。 (2)iSCSIを使うためにはiSCSI イニシエータというソフトが必要。。 リナックスはopen-iscsi を使える。windowsはマイクロソフトのHPからダウンロードでき…

cygwin、linuxのwgetでwebページから一括ダウンロード wget -r URL で再帰的ダウンロード。

参考： http://yebisu.cc.kyushu-u.ac.jp/~watanabe/LECTURE/INA/05.pdf高性能数値計算のリンク（日本語） http://phase.hpcc.jp/高性能数値計算のリンク（英語） netlib http://www.netlib.org/Ｃ言語、スパースマトリクスライブラリ？ http://people.sc.fs…

octaveで疎行列の連立一次方程式を解く。 octaveは無料で使える行列計算システム。 疎行列のセットデータ： 行列Ａ (matA.mat) (7×7) ３列目は行列の値。それ以外は0. 1 2 4 1 3 3 5 2 5 7 5 2 2 4 2 1 4 10 3 1 1 4 6 8 6 7 1 ベクトルb (vecb.mat) （7×1）…

wikipeiaマイニングの論文 http://www.cs.waikato.ac.nz/pubs/wp/2008/uow-cs-wp-2008-11.pdf

論文の探しかた。今のところ私のなかです。もっと改善の余地があるかもです。 特に、境界分野の論文についてです。 探しにくい。 Web of science 信頼できる論文を探せる。 引用数（サイテーション）や雑誌などを 限定したり、発行年の新しい順番に並べたり…

あとで読む.ネットワークと機械学習。 http://ibis-workshop.org/2009/pdf-ippan/33.pdf

生物関連データベースのリンクhttp://www.jhsf.or.jp/site/link/site_data_1.htmlKEGGのパスウェイ 使い方 http://www.hgc.jp/~ytanaka/lec/html/third_keggdb.htm BIND cytoscapehttp://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjing/dl/20-2-3-09042102.pdfhttp://www.genom…

バラバシの代謝に関する論文。Hierarchical organization of modularity in metabolic networkspsu.edu [PDF] Find it @ Tokyo Tech… , AL Somera, DA Mongru, ZN Oltvai, AL Barabási - Science, 2002 - scienceonline.org ... E. Ravasz, 1 AL Somera, 2 D…

Gohモデル、任意の次数分布をもつスケールフリーネットワークを作る方法。 #include <stdio.h> #include <math.h> #include <stdlib.h> int main(){ int N=1000,i; int k_mean=3; double* omega; double alpha=2.3; double* p; double* q; int* a; int* h; int* l; int j; double* pcum;</stdlib.h></math.h></stdio.h>…

エイリアス法は有限要素の離散分布を発生させる方法。一般の離散分布を発生できる。 http://amath.colorado.edu/courses/7400/2004fall/002/Web/SS-10.ppt二者択一法ともいう。(alias method)基本は、npが平均が１になる性質を利用すして、乱数を一様分布に…

オーストリア学派の経済学者 ハイエク http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8F%E3%82%A4%E3%82%A8%E3%82%AFヨーゼフ・シュンペーター http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%A8%E3%83%BC%E3%82%BC%E3%83%95%E3%83%BB%E3%82%B7%E3%83%A5%E3%83%B3%E3%83%9A%E3…

ハブリン： http://www.cs.toronto.edu/~molloy/webpapers/hatamih.pdf http://www.cs.toronto.edu/~molloy/webpapers/size.pshttp://tamori0.sys.eng.shizuoka.ac.jp/summerschool.pdf

大腸菌の中で働いている分子制御システムとLinuxのソフトウェアを比較して、なぜ生命システムはクラッシュしにくいのかを考察 PNAS .. http://www.physorg.com/news192128818.html

はなおかせいしゅう →麻酔薬を開発した。

カセンエンジニアリング株式会社

大規模ネットワークを扱う場合、 cytoscapeの使用メモリを増やす必要がある。 http://cydoc.sourceforge.jp/cydocwiki/index.php?%E6%9C%80%E5%A4%A7%E4%BD%BF%E7%94%A8%E3%83%A1%E3%83%A2%E3%83%AA%E3%82%92%E5%A2%97%E3%82%84%E3%81%99%E3%81%AB%E3%81%AF%…

pythonの辞書型（連想配列、ハッシュ型）イテレータのまとめ。 a[キー]=バリュー。 キーでイテレート a={} a["a"]=1; a["c"]=2; for i in a.keys(): print i; 値（バリュー）でイテレート a={} a["a"]=1; a["c"]=2; for i in a.values(): print i; 値（バリ…

pythonの辞書型（連想配列の）要素の削除の色々。 http://www.pythonweb.jp/tutorial/dictionary/index6.html基本 del a["xxx"] でキー"xxx"を持つ要素が消える。

メモ：システム生物学入門（１）、「空間」の数理生物学（２）。細胞のシステム生物学入門（３）。数理構造をどう生物で実験するか。 IPS細胞とポテンシャルの分割のお話。

http://arxiv.org/list/physics.soc-ph/recentF1000 http://www.sunmedia.co.jp/e-port/f1000/

ログアウトしても scp によるファイル転送が終了しないようにする方法。これはすばらしいです。 http://d.hatena.ne.jp/yohei-a/20100212/1265950974 （1）nohup scp user@xxx.ac.jp xxx xxx &はつけないのがポイント (2)パスワードを聞かれるので入力。 (3)…

awkであるネットワークを作る。 BEGIN{ end123=10000; for(i=0;i

鳥取県立博物館の自然展示がすばらしいかった。 光る鉱物の展示は天空の城ラピュタの洞窟状態でとてもきれいで印象に残る。それに、全然動かないオオサンショウウオ展示も面白い。 南極

あとで、みつけましたが 下のページがわかりやすいです！ http://web.sfc.keio.ac.jp/~iba/sb/log/eid95.html とりあえず可視化した場合。 cytoscapeでのテキスト形式データの 入力(インポート,import)のしかた。 例：二分木のネットワークデータ形式 tree.t…

極地研の「極」。komakusaryama 極地研の極地漫画がいい（１話から３話）。南極条約の理念がいい。 民主主義と科学者のエゴの議論も興味深い。 極地研「極」 http://www.nipr.ac.jp/publication/PDF/Kyoku-no03.pdf関連： http://www.amazon.co.jp/こちら南…

awkでデータ項目を背番号に置換（ID番号に置換）する。 想定されるデータ networkB.txt 234 334 234 532 12 234 9082 334 5 6 を 次のルールでID付けをし、 [名前 ID] testnodehenkan.txt 5 0 6 1 12 2 234 3 334 4 532 5 9082 6 下のような形に置換する。 …

家庭科の歌。 家庭科ボーイ。家庭科ガール。 （NHK教育 高校講座家庭総合）。 http://www.youtube.com/watch?v=3qjo7-patWQ