RのMCMCライブラリのRstanの導入 windows 8 64bit R x64 3.0.2 これに従う． https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started （１）基本の整備 バージョンにあったRtoolsのインストール （２）gccのパスをRtoolsのものにする（３）インスト…

sftpでバッチ処理： 再帰ダウンロード（ディレクトリ以下のすべてのファイル）とレジューム（再開）できるようにする。 結論 mget -ar ディレクトリ名 基本 まず、基本 sftp -o "batchmode no" -b test.ftp username@xxx.xxx.xxx.xxx バッチファイル （１）…

Rで欠損値の可視化 http://www.r-bloggers.com/how-to-perform-a-logistic-regression-in-r/ library(Amelia) missmap(training.data.raw, main = "Missing values vs observed")

Rで移動平均はrollapply関数をつかつよい。

Cent OS 5.10 にRのforecast パッケージをインストールポイントは以下の通り。 （１）Ｒが古いとだめなので、Rを最新版にアップデート （２）gccがver4.11 で古いので、gcc44 やg++44を使う。 （３）gcc44では、最新版のRcppArmadillo は使えないので、ver4.…

以下のリンクがまとまっているので、以下のリンクにとんでください。 http://d.hatena.ne.jp/arupaka-_-arupaka/20151109/1447040736以下はメモCent OS 5.10 にRのforecast パッケージをインストール Cent OSのバージョンが古いので注意が必要。 （１）Ｒの…

Rで刈込み移動平均を計算する． zooパッケージの移動関数適応関数rollapplyを利用する． #刈込なし library(zoo) v<-rep(1,1000)+rnorm(1000) v[c(10,200,500,700)]<-10^5; x<-(rollapply(zoo(v),50,mean)); v2<-rep(NA,length(v)) v2[index(x)]<-x plot(v2)…

Rで時系列の一番数値が大きい月を計算 データ例 data<-seq(3,10,length.out=365) data<-rep(data,8) data<-seq(2,10,length.out=length(data))*data 月別集計：３６５日の移動平均でトレンドを殺してる． v3<-v/filter(v,rep(1,365)) v4<-tapply(v3[!is.na(v…

density4<-function(z1,v=seq(-10,10,length.out=120),base_dx=0.04,min_count=3,smooth=TRUE){ #v<-sample(unique(z1),100) #v<-seq(-10,10,length.out=120) #base_dx<-0.04 count<-NULL dx_b<-NULL cou_c<-min_count cou_b<-NULL for(i in 1:length(v)){ j2…

Rのtapplyで各曜日ごとの平均を調べる tapply(ts1,rep(1:7,length.out=length(ts1)),"mean") 簡易的な週ごとの平均結果 1 2 3 4 5 6 7 174.1370 173.4612 162.5548 138.6849 144.5091 165.8032 172.0847

例えばラベルごとの平均を求める． label<-c(1,3,2,3,2,1,1,2,3) data<-c(23,13,43,52,32,21,0,21,51) f1<-tapply(v1,v0,mean) f1 plot(names(f1),f1) 出力 1 2 3 14.66667 32.00000 38.66667

ggplot2で両対数グラフ その３． いくつかの系列をプロット d<-data.frame(rr_rd_mean_0[[1]],rr_rd_sd[[1]],rr_rd_mean_0[[42]],rr_rd_sd[[42]],rr_rd_mean_0[[79]],rr_rd_sd[[79]]) colnames(d)<-c("x1","y1","x2","y2","x3","y3") g<-ggplot(data=d)+them…

ggplot 対数グラフに補助線をつける例 サイズ指定をIでやるのはポイント。。 p<-qplot(vf+vf/2,iqr1,log="xy",geom="point",shape=I(17))+theme_bw(base_size=32)+scale_x_log10(labels=trans_format("log10",math_format(10^.x)))+scale_y_log10(labels=tra…

Rの時系列の基礎処理、週ごと、月ごとの平均やそのプロット(ggplot2)のサンプル q2<-read.csv("siawase_ss.csv",header=F) z<-q2[,3][1:length(medi1_food)]/medi1_food plot(q2[,3]/medi1_food[1:length(q2[,3])],type="l") t1<-as.Date("2006-10-31")+1:le…

時系列規格化用，中央値時系列の作り方 apply(mat_food,"median",2) medi1_food<-NULL mean1_food<-apply(mat_food,2,"mean") for(i in 1:length(mat_food[,1])){ q<-(mat_food[i,]/mean1_food)[which(mean1_food>=100)] medi1_food[i]<-median(q) } #r0<-(m…

倍率パーセンタイルスクリプト apply(mat_food,"median",2) medi1_food<-NULL mean1_food<-apply(mat_food,2,"mean") for(i in 1:length(mat_food[,1])){ q<-(mat_food[i,]/mean1_food)[which(mean1_food>=100)] medi1_food[i]<-median(q) } #r0<-(mean_end+…

事前にlibrary(ggplot2)はしておく x<-1:10 y<-2*x qplot(x,y,geom="line",xlab="date",ylab="count")+theme_bw(base_size=30) plot(x,y,type="b")は，geom=c("line","point") qplot(cc[4:length(cc)],exp(m1),xlab="Mean of start",ylab="Mean of 6 year ra…

以下の方法が楽かも q<-qplot((vs+vf)/2,sd2009_2010)+scale_x_log10(labels=trans_format("log10",math_format(10^.x)))+scale_y_log10(labels=trans_format("log10",math_format(10^.x)))+theme_bw(base_size=27) q<-q+xlab("Counts 2009")+ylab("S.D of r…

- library(ggplot2) x y p0 p0 print(p0) - ４行の図 - p1 p1 #+facet_grid(row=4) p12006-09-01"),y=70),label="(a)") #+facet_grid(row=4) p2tck=0.03,ylab="m(t)",geom="line") p2 p22006-09-01"),y=1.2),label="(b)") #+facet_grid(row=4)p3tck=0.03,yla…

基本的にはexpressionを使う．http://stackoverflow.com/questions/15736370/special-characters-and-superscripts-r-plot-axis-titles が参考になる．例えば， は, plot(1:10,ylab=expression(sqrt(delta~"V["~tilde(F)~"]"))) 区切り記号に~をつかっている…

会社に方に教えてもらう。。 ggplot2 でグループ折れ線グラフに凡例（ガイド）をつける guidesを使う． データは、X,Y,Label Labelで自動分類される． 基本編 X<-c(c(1,2,3,4),c(1.1,2.2,3.0,4.1)) Y<-c(c(5,4,3,1),c(1,3,2,6)) label_0<-(c(rep("Taro",4),r…

Rでデータベース(sqlite3)に逐次的にデータを詰める． 行うこと （１）更新したい日が、更新中のデータベースの更新日付と同じかを確認->異なるなら新しいtableに更新tableを置き換える． （２）更新tableをにデータを追加していく．（データに列がたりない…

シェルスクリプトCGIでデータベース状態の更新 echo "update update_info set flg=\"4\";" > test_query.txt chmod a+r test_query.txt chmod a+x test_query.txt chmod a+w test_query.txt /usr/bin/sqlite3 syoku.sqlite3 < test_query.txt 権限つけすぎな…

.find.package()関数を使う． > library("RSQLite") 要求されたパッケージ DBI をロード中です > .find.package() [1] "/home/xxxx/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.15/RSQLite" [2] "/home/xxxx/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/2.15/DBI" [3] "/…

igraphでのエッジ列の取得（とりだし） get.edges(q4,E(q4)) これはエッジIDなので、エッジ名とずれている場合は注意が必要

リストのデータフレーム化 qq2",1:length(qq2),")"),",names=qq2)") ) )

Rですべてのグラフィックデバイスを閉じる for(i in dev.list()){dev.off(i)}

Rからsqlite を使う rsqliteの導入まず、インストール install.packages("RSQLite") ためす。 drv<-dbDriver("SQLite") con<-dbConnect(drv,dbname="test.sqlite") dbGetQuery(con,"create table test (a,b)") NULL dbGetQuery(con,"insert into test values…

CGIの設定は， http://d.hatena.ne.jp/arupaka-_-arupaka/20140820 Rの実行コマンドは，Rscript コマンドを使う． Rscript xxx.R コマンド引数 コマンド引数 コマンド引数は， args=commandArgs(trailingOnly=T) でargs配列に入る．そのため，スクリプトの一…

コマンドの基本 R --vanilla --slave --args 12 サンプルRスクリプト test.R args=commandArgs(trailingOnly=T) cat(args[1]); test.R に読み込みと実効権限をつけておけばよい． chmod a+x test.R chmod a+r test.R plot関数をdevをpng(file="test.rb")に変…